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cargar_un_software [2024/04/22 03:54] admin [Cargar software] |
cargar_un_software [2024/05/09 18:55] (current) admin [Buscar software disponible] |
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| Line 3: | Line 3: | ||
| Existen **dos métodos** para utilizar un software: | Existen **dos métodos** para utilizar un software: | ||
| - | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Screen]]** | + | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]** |
| - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | ||
| Line 18: | Line 18: | ||
| ==== Buscar software disponible ==== | ==== Buscar software disponible ==== | ||
| - | El comando ''module list'' (o bien ''ml'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail'' lista todo el software disponible. | + | El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible. |
| <code> | <code> | ||
| $ module avail | $ module avail | ||
| Line 26: | Line 26: | ||
| -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | ||
| - | cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 | + | cmake/3.15.4 ncbi-blast/2.13.0 python/3.7.4 |
| - | gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 | + | expat/2.6.2 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 R/3.6.1 |
| - | gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 | + | fftw/3.3.10 openmpi/1.10.7 roary/3.12 |
| - | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 | + | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 samtools/1.9 |
| - | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 | + | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 tabix/0.2.5 |
| - | mpi openmpi/3.1.5 | + | |
| [ETC...] | [ETC...] | ||
| </code> | </code> | ||
| + | |||
| + | Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto. | ||
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| Line 64: | Line 65: | ||
| <code> | <code> | ||
| - | $ gmx --version | + | $ gmx_mpi --version |
| :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | ||
| Line 93: | Line 94: | ||
| <code> | <code> | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
| Line 103: | Line 104: | ||
| Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
| Line 117: | Line 118: | ||
| **Ejemplo:** | **Ejemplo:** | ||
| <code> | <code> | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
| Line 124: | Line 125: | ||
| $ module purge | $ module purge | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| No Modulefiles Currently Loaded. | No Modulefiles Currently Loaded. | ||