cargar_un_software

Cargando software y librerías

Existen dos métodos para utilizar un software:

  1. Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se ejecuta directamente para trabajar, puedes ir directo a esta sección para ejecutar un trabajo con Screen
  2. Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad module

Software disponible con Module

Module es una utilidad provista por el paquete Environment Modules, disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.

Para utilizar un software específico instalado en el clúster se debe ejecutar la utilidad module. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.


El comando module list lista todos los módulos que estén cargados. El comando module avail lista todo el software disponible.

$ module avail

------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles --------------------------------------------------------------------
dot         module-git  module-info modules     null        use.own

-------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------
cmake/3.15.4                               namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4
gcc/5.5.0                                  netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2               quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4
gcc/8.3.0                                  openmpi/1.10.7                             R/3.6.1
gromacs/2019.4                             openmpi/1.6.5                              wrf/3.9.1
hdf5/1.10.5                                openmpi/2.1.6                              wrf/4.0
mpi                                        openmpi/3.1.5

[ETC...]

Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando module load [software]/[version]

Ejemplo:

Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.

$ module load gromacs/2019.4

Loading gromacs/2019.4
  Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6

$ module list

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4

Revisando versión actual de Gromacs

$ gmx --version
                         :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd
 Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray

...

GROMACS version:    2019.4
Precision:          single
Memory model:       64 bit
MPI library:        thread_mpi

...

Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando module unload [software]/[version]

Ejemplo:

Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo

$ module list

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4

$ module unload gromacs/2019.4

Unloading gromacs/2019.4
  Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0

$ module list

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1

Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando module purge

Ejemplo:

$ module list

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4

$ module purge

$ module list

No Modulefiles Currently Loaded.
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