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Cargando software y librerías
Existen dos métodos para utilizar un software:
- Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se ejecuta directamente para trabajar, puedes ir directo a esta sección para ejecutar un trabajo con Screen
- Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad
module
Software disponible con Module
Module es una utilidad provista por el paquete Environment Modules, disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
Para utilizar un software específico instalado en el clúster se debe ejecutar la utilidad module
. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.
Buscar software disponible
El comando module list
(o bien ml
) lista todos los módulos que estén cargados. El comando module avail
lista todo el software disponible.
$ module avail ------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------- dot module-git module-info modules null use.own -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 mpi openmpi/3.1.5 [ETC...]
Cargar software
Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando module load [software]/[version]
Ejemplo:
Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.
$ module load gromacs/2019.4 Loading gromacs/2019.4 Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4
Revisando versión actual de Gromacs
$ gmx --version :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: GROMACS is written by: Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray ... GROMACS version: 2019.4 Precision: single Memory model: 64 bit MPI library: thread_mpi ...
Descargar software
Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando module unload [software]/[version]
Ejemplo:
Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo
$ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 $ module unload gromacs/2019.4 Unloading gromacs/2019.4 Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1
Limpiar software
Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando module purge
Ejemplo:
$ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 $ module purge $ module list No Modulefiles Currently Loaded.