Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
cargar_un_software [2024/03/01 02:26] admin [Buscar software disponible] |
cargar_un_software [2024/05/09 18:55] (current) admin [Buscar software disponible] |
||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ====== Cargando software y librerias ====== | + | ====== Cargando software y librerías ====== |
| Existen **dos métodos** para utilizar un software: | Existen **dos métodos** para utilizar un software: | ||
| - | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo]]** | + | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]** |
| - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | ||
| + | |||
| ====== Software disponible con Module ====== | ====== Software disponible con Module ====== | ||
| - | Module es una utilidad en sistemas GNU/Linux que carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. | + | Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. |
| - | Para utilizar un software específico instalado en el clúster se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual. | + | Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual. |
| ---- | ---- | ||
| Line 17: | Line 18: | ||
| ==== Buscar software disponible ==== | ==== Buscar software disponible ==== | ||
| - | El comando ''module list'' lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail'' lista todo el software disponible. | + | El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible. |
| <code> | <code> | ||
| $ module avail | $ module avail | ||
| Line 25: | Line 26: | ||
| -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | ||
| - | cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 | + | cmake/3.15.4 ncbi-blast/2.13.0 python/3.7.4 |
| - | gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 | + | expat/2.6.2 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 R/3.6.1 |
| - | gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 | + | fftw/3.3.10 openmpi/1.10.7 roary/3.12 |
| - | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 | + | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 samtools/1.9 |
| - | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 | + | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 tabix/0.2.5 |
| - | mpi openmpi/3.1.5 | + | |
| [ETC...] | [ETC...] | ||
| </code> | </code> | ||
| + | |||
| + | Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto. | ||
| ---- | ---- | ||
| Line 53: | Line 55: | ||
| Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 | Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
| - | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4 | + | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 |
| </code> | </code> | ||
| Line 63: | Line 65: | ||
| <code> | <code> | ||
| - | $ gmx --version | + | $ gmx_mpi --version |
| :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | ||
| Line 81: | Line 83: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | |||
| - | |||
| Line 94: | Line 94: | ||
| <code> | <code> | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
| - | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4 | + | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 |
| $ module unload gromacs/2019.4 | $ module unload gromacs/2019.4 | ||
| Line 104: | Line 104: | ||
| Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| - | No Modulefiles Currently Loaded. | + | Currently Loaded Modulefiles: |
| + | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 | ||
| </code> | </code> | ||
| Line 117: | Line 118: | ||
| **Ejemplo:** | **Ejemplo:** | ||
| <code> | <code> | ||
| + | $ ml | ||
| + | |||
| + | Currently Loaded Modulefiles: | ||
| + | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 | ||
| + | |||
| $ module purge | $ module purge | ||
| - | $ module list | + | $ ml |
| No Modulefiles Currently Loaded. | No Modulefiles Currently Loaded. | ||