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--- cargar_un_software [2024/03/01 02:25]
admin [Software disponible con Module]
+++ cargar_un_software [2024/05/09 18:55] (current)
admin [Buscar software disponible]
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-====== Cargando software y librerias ======
+====== Cargando software y librerías ======
 Existen **dos métodos** para utilizar un software:
-   - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo]]**
+   - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]**
   - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module''
 ====== Software disponible con Module ======
-Module es una utilidad en sistemas GNU/Linux que carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
+Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
-Para utilizar un software específico instalado en el clúster se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.
+Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.
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 ==== Buscar software disponible ====
-El comando ''module list'' lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail'' lista todo el software disponible.
+El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible.
 <code>
 $ module avail
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 -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------
-cmake/3.15.4                               namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4
+cmake/3.15.4                               ncbi-blast/2.13.0                          python/3.7.4
-gcc/5.5.0                                  netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2               quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4
+expat/2.6.2                                netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2               R/3.6.1
-gcc/8.3.0                                  openmpi/1.10.7                             R/3.6.1
+fftw/3.3.10                                openmpi/1.10.7                             roary/3.12
-gromacs/2019.4                             openmpi/1.6.5                              wrf/3.9.1
+gromacs/2019.4                             openmpi/1.6.5                              samtools/1.9
-hdf5/1.10.5                                openmpi/2.1.6                              wrf/4.0
+hdf5/1.10.5                                openmpi/2.1.6                              tabix/0.2.5
-mpi                                        openmpi/3.1.5
 [ETC...]
 </code>
+Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto.
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   Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6
-$ module list
+$ ml
 Currently Loaded Modulefiles:
-) gcc/8.3.0 <aL>   2) openmpi/2.1.6 <aL>   3) gromacs/2019.4
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4
 </code>
@@ Line 63: / Line 65: @@
 <code>
-$ gmx --version
+$ gmx_mpi --version
                          :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:
@@ Line 82: / Line 84: @@
 </code>
-==== Buscar software disponible ====
-El comando ''module list''  lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail''  lista todo el software disponible.
-<code>
-$ module avail
-------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles --------------------------------------------------------------------
-dot         module-git  module-info modules     null        use.own
--------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------
-cmake/3.15.4                               namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4
-gcc/5.5.0                                  netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2               quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4
-gcc/8.3.0                                  openmpi/1.10.7                             R/3.6.1
-gromacs/2019.4                             openmpi/1.6.5                              wrf/3.9.1
-hdf5/1.10.5                                openmpi/2.1.6                              wrf/4.0
-mpi                                        openmpi/3.1.5
-[ETC...]
-</code>
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-==== Cargar software ====
-Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''module load [software]/[version] ''
-**Ejemplo:**
-Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.
-<code>
-$ module load gromacs/2019.4
-Loading gromacs/2019.4
-  Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6
-$ module list
-Currently Loaded Modulefiles:
-) gcc/8.3.0 <aL>   2) openmpi/2.1.6 <aL>   3) gromacs/2019.4
-</code>
-Revisando versión actual de Gromacs
-<code>
-$ gmx --version
-                         :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:
-                            GROMACS is written by:
-     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
-    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd
- Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray
-...
-GROMACS version:    2019.4
-Precision:          single
-Memory model:       64 bit
-MPI library:        thread_mpi
-...
-</code>
 ==== Descargar software ====
@@ Line 160: / Line 94: @@
 <code>
-$ module list
+$ ml
 Currently Loaded Modulefiles:
-) gcc/8.3.0 <aL>   2) openmpi/2.1.6 <aL>   3) gromacs/2019.4
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4
 $ module unload gromacs/2019.4
@@ Line 170: / Line 104: @@
   Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0
-$ module list
+$ ml
-No Modulefiles Currently Loaded.
+Currently Loaded Modulefiles:
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1
 </code>
@@ Line 183: / Line 118: @@
 **Ejemplo:**
 <code>
+$ ml
+Currently Loaded Modulefiles:
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4
 $ module purge
-$ module list
+$ ml
 No Modulefiles Currently Loaded.