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cargar_un_software [2024/03/01 02:25] admin [Cargando software y librerias] |
cargar_un_software [2024/05/09 18:55] (current) admin [Buscar software disponible] |
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Line 1: | Line 1: | ||
- | ====== Cargando software y librerias ====== | + | ====== Cargando software y librerías ====== |
Existen **dos métodos** para utilizar un software: | Existen **dos métodos** para utilizar un software: | ||
- | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo]]** | + | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]** |
- Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | ||
+ | |||
====== Software disponible con Module ====== | ====== Software disponible con Module ====== | ||
- | Module es una utilidad en sistemas GNU/Linux que carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. | + | Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. |
- | Para utilizar un software específico instalado en el clúster se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual. | + | Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual. |
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Line 17: | Line 18: | ||
==== Buscar software disponible ==== | ==== Buscar software disponible ==== | ||
- | El comando ''module list'' lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail'' lista todo el software disponible. | + | El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible. |
<code> | <code> | ||
$ module avail | $ module avail | ||
Line 25: | Line 26: | ||
-------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | ||
- | cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 | + | cmake/3.15.4 ncbi-blast/2.13.0 python/3.7.4 |
- | gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 | + | expat/2.6.2 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 R/3.6.1 |
- | gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 | + | fftw/3.3.10 openmpi/1.10.7 roary/3.12 |
- | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 | + | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 samtools/1.9 |
- | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 | + | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 tabix/0.2.5 |
- | mpi openmpi/3.1.5 | + | |
[ETC...] | [ETC...] | ||
</code> | </code> | ||
+ | |||
+ | Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto. | ||
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Line 53: | Line 55: | ||
Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 | Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 | ||
- | $ module list | + | $ ml |
Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
- | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4 | + | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 |
</code> | </code> | ||
Line 63: | Line 65: | ||
<code> | <code> | ||
- | $ gmx --version | + | $ gmx_mpi --version |
:-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | ||
Line 82: | Line 84: | ||
</code> | </code> | ||
- | |||
- | ====== Software disponible con Module ====== | ||
- | |||
- | Para utilizar un software específico instalado en el sistema se debe ejecutar la utilidad ''module'' provista por el paquete Environment Modules. | ||
- | |||
- | Module es una utilidad en sistemas GNU/Linux que carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. | ||
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- | ==== Buscar software disponible ==== | ||
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- | El comando ''module list'' lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail'' lista todo el software disponible. | ||
- | <code> | ||
- | |||
- | $ module avail | ||
- | |||
- | ------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------- | ||
- | dot module-git module-info modules null use.own | ||
- | |||
- | -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | ||
- | cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 | ||
- | gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 | ||
- | gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 | ||
- | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 | ||
- | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 | ||
- | mpi openmpi/3.1.5 | ||
- | |||
- | [ETC...] | ||
- | |||
- | </code> | ||
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- | ==== Cargar software ==== | ||
- | |||
- | Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''module load [software]/[version] '' | ||
- | |||
- | **Ejemplo:** | ||
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- | Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida. | ||
- | |||
- | <code> | ||
- | $ module load gromacs/2019.4 | ||
- | |||
- | Loading gromacs/2019.4 | ||
- | Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 | ||
- | |||
- | $ module list | ||
- | |||
- | Currently Loaded Modulefiles: | ||
- | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4 | ||
- | |||
- | </code> | ||
- | |||
- | Revisando versión actual de Gromacs | ||
- | |||
- | <code> | ||
- | $ gmx --version | ||
- | :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | ||
- | |||
- | GROMACS is written by: | ||
- | Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen | ||
- | Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd | ||
- | Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray | ||
- | |||
- | ... | ||
- | |||
- | GROMACS version: 2019.4 | ||
- | Precision: single | ||
- | Memory model: 64 bit | ||
- | MPI library: thread_mpi | ||
- | |||
- | ... | ||
- | |||
- | </code> | ||
==== Descargar software ==== | ==== Descargar software ==== | ||
Line 167: | Line 94: | ||
<code> | <code> | ||
- | $ module list | + | $ ml |
Currently Loaded Modulefiles: | Currently Loaded Modulefiles: | ||
- | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4 | + | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 |
$ module unload gromacs/2019.4 | $ module unload gromacs/2019.4 | ||
Line 177: | Line 104: | ||
Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | ||
- | $ module list | + | $ ml |
- | No Modulefiles Currently Loaded. | + | Currently Loaded Modulefiles: |
+ | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 | ||
</code> | </code> | ||
Line 190: | Line 118: | ||
**Ejemplo:** | **Ejemplo:** | ||
<code> | <code> | ||
+ | $ ml | ||
+ | |||
+ | Currently Loaded Modulefiles: | ||
+ | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 | ||
+ | |||
$ module purge | $ module purge | ||
- | $ module list | + | $ ml |
No Modulefiles Currently Loaded. | No Modulefiles Currently Loaded. |