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Cargando software y librerias
Existen dos métodos para utilizar un software:
- Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se ejecuta directamente para trabajar, puedes ir directo a esta sección para ejecutar un trabajo
- Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad
module
Software disponible con Module
Para utilizar un software específico instalado en el sistema se debe ejecutar la utilidad module provista por el paquete Environment Modules.
Module es una utilidad en sistemas GNU/Linux que carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
Buscar software disponible
El comando module list lista todos los módulos que estén cargados. El comando module avail lista todo el software disponible.
$ module avail ------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------- dot module-git module-info modules null use.own -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 mpi openmpi/3.1.5 [ETC...]
Cargar software
Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando module load [software]/[version]
Ejemplo:
Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.
$ module load gromacs/2019.4 Loading gromacs/2019.4 Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4
Revisando versión actual de Gromacs
$ gmx --version
:-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:
GROMACS is written by:
Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen
Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray
...
GROMACS version: 2019.4
Precision: single
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
...
Cargando software y librerias
Existen dos métodos para utilizar un software:
- Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se ejecuta directamente para trabajar, puedes ir directo a esta sección para ejecutar un trabajo
- Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad
module
Software disponible con Module
Para utilizar un software específico instalado en el sistema se debe ejecutar la utilidad module provista por el paquete Environment Modules.
Module es una utilidad en sistemas GNU/Linux que carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
Buscar software disponible
El comando module list lista todos los módulos que estén cargados. El comando module avail lista todo el software disponible.
$ module avail ------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------- dot module-git module-info modules null use.own -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 mpi openmpi/3.1.5 [ETC...]
Cargar software
Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando module load [software]/[version]
Ejemplo:
Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.
$ module load gromacs/2019.4 Loading gromacs/2019.4 Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 $ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4
Revisando versión actual de Gromacs
$ gmx --version
:-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:
GROMACS is written by:
Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen
Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd
Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray
...
GROMACS version: 2019.4
Precision: single
Memory model: 64 bit
MPI library: thread_mpi
...
Descargar software
Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando module unload [software]/[version]
Ejemplo:
Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo
$ module list Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) openmpi/2.1.6 <aL> 3) gromacs/2019.4 $ module unload gromacs/2019.4 Unloading gromacs/2019.4 Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 $ module list No Modulefiles Currently Loaded.
Limpiar software
Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando module purge
Ejemplo:
$ module purge $ module list No Modulefiles Currently Loaded.