Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

--- cargar_un_software [2024/04/22 03:54]
admin [Cargar software]
+++ cargar_un_software [2024/09/16 17:58] (current)
@@ Line 1: / Line 1: @@
+====== Cargando software y librerías ======
+Existen **dos métodos** para utilizar un software:
+   - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]**
+  - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module''
+====== Software disponible con Module ======
+Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
+Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.
+----
+==== Buscar software disponible ====
+El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible.
+<code>
+$ module avail
+------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles --------------------------------------------------------------------
+dot         module-git  module-info modules     null        use.own
+-------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------
+cmake/3.15.4                               ncbi-blast/2.13.0                          python/3.7.4
+expat/2.6.2                                netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2               R/3.6.1
+fftw/3.3.10                                openmpi/1.10.7                             roary/3.12
+gromacs/2019.4                             openmpi/1.6.5                              samtools/1.9
+hdf5/1.10.5                                openmpi/2.1.6                              tabix/0.2.5
+[ETC...]
+</code>
+Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto.
+----
+==== Cargar software ====
+Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''module load [software]/[version] ''
+**Ejemplo:**
+Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.
+<code>
+$ module load gromacs/2019.4
+Loading gromacs/2019.4
+  Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6
+$ ml
+Currently Loaded Modulefiles:
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4
+</code>
+Revisando versión actual de Gromacs
+<code>
+$ gmx_mpi --version
+                         :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:
+                            GROMACS is written by:
+     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
+    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd
+ Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray
+...
+GROMACS version:    2019.4
+Precision:          single
+Memory model:       64 bit
+MPI library:        thread_mpi
+...
+</code>
+==== Descargar software ====
+Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando ''module unload [software]/[version] ''
+**Ejemplo:**
+Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo
+<code>
+$ ml
+Currently Loaded Modulefiles:
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4
+$ module unload gromacs/2019.4
+Unloading gromacs/2019.4
+  Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0
+$ ml
+Currently Loaded Modulefiles:
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1
+</code>
+==== Limpiar software ====
+Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando ''module purge''
+**Ejemplo:**
+<code>
+$ ml
+Currently Loaded Modulefiles:
+) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4
+$ module purge
+$ ml
+No Modulefiles Currently Loaded.
+</code>