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cargar_un_software [2024/03/01 02:55] admin [Cargando software y librerias] |
cargar_un_software [2024/09/16 17:58] (current) |
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Line 1: | Line 1: | ||
+ | ====== Cargando software y librerías ====== | ||
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+ | Existen **dos métodos** para utilizar un software: | ||
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+ | - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]** | ||
+ | - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' | ||
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+ | ====== Software disponible con Module ====== | ||
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+ | Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. | ||
+ | |||
+ | Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual. | ||
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+ | ==== Buscar software disponible ==== | ||
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+ | El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible. | ||
+ | <code> | ||
+ | $ module avail | ||
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+ | ------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------- | ||
+ | dot module-git module-info modules null use.own | ||
+ | |||
+ | -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- | ||
+ | cmake/3.15.4 ncbi-blast/2.13.0 python/3.7.4 | ||
+ | expat/2.6.2 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 R/3.6.1 | ||
+ | fftw/3.3.10 openmpi/1.10.7 roary/3.12 | ||
+ | gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 samtools/1.9 | ||
+ | hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 tabix/0.2.5 | ||
+ | |||
+ | [ETC...] | ||
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+ | </code> | ||
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+ | Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto. | ||
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+ | ==== Cargar software ==== | ||
+ | |||
+ | Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''module load [software]/[version] '' | ||
+ | |||
+ | **Ejemplo:** | ||
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+ | Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida. | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | $ module load gromacs/2019.4 | ||
+ | |||
+ | Loading gromacs/2019.4 | ||
+ | Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 | ||
+ | |||
+ | $ ml | ||
+ | |||
+ | Currently Loaded Modulefiles: | ||
+ | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 | ||
+ | |||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | Revisando versión actual de Gromacs | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | $ gmx_mpi --version | ||
+ | :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: | ||
+ | |||
+ | GROMACS is written by: | ||
+ | Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen | ||
+ | Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd | ||
+ | Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray | ||
+ | |||
+ | ... | ||
+ | |||
+ | GROMACS version: 2019.4 | ||
+ | Precision: single | ||
+ | Memory model: 64 bit | ||
+ | MPI library: thread_mpi | ||
+ | |||
+ | ... | ||
+ | |||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Descargar software ==== | ||
+ | |||
+ | Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando ''module unload [software]/[version] '' | ||
+ | |||
+ | **Ejemplo:** | ||
+ | |||
+ | Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | $ ml | ||
+ | |||
+ | Currently Loaded Modulefiles: | ||
+ | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 | ||
+ | |||
+ | $ module unload gromacs/2019.4 | ||
+ | |||
+ | Unloading gromacs/2019.4 | ||
+ | Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 | ||
+ | |||
+ | $ ml | ||
+ | |||
+ | Currently Loaded Modulefiles: | ||
+ | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 | ||
+ | |||
+ | </code> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ==== Limpiar software ==== | ||
+ | |||
+ | Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando ''module purge'' | ||
+ | |||
+ | **Ejemplo:** | ||
+ | <code> | ||
+ | $ ml | ||
+ | |||
+ | Currently Loaded Modulefiles: | ||
+ | 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 | ||
+ | |||
+ | $ module purge | ||
+ | |||
+ | $ ml | ||
+ | |||
+ | No Modulefiles Currently Loaded. | ||
+ | |||
+ | </code> | ||
+ | |||