cargar_un_software

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admin [Descargar software]
cargar_un_software [2024/09/16 17:58] (current)
Line 1: Line 1:
 +====== Cargando software y librerías ======
 +
 +Existen **dos métodos** para utilizar un software:
 +
 +   - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:​iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]**
 +  - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''​module''​
 +
 +
 +====== Software disponible con Module ======
 +
 +Module es una utilidad provista por el paquete [[https://​modules.readthedocs.io/​en/​latest/​|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.
 +
 +Para utilizar un [[:​software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''​module''​. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.
 +
 +----
 +
 +
 +==== Buscar software disponible ====
 +
 +El comando ''​ml''​ (o bien ''​module list''​) lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''​ml av''​ (o ''​module avail''​) lista todo el software disponible.
 +<​code>​
 +$ module avail
 +
 +------------------------------------------------------------------- /​usr/​share/​Modules/​modulefiles --------------------------------------------------------------------
 +dot         ​module-git ​ module-info modules ​    ​null ​       use.own
 +
 +-------------------------------------------------------------------------- /​opt/​modulefiles ---------------------------------------------------------------------------
 +cmake/​3.15.4 ​                              ​ncbi-blast/​2.13.0 ​                         python/​3.7.4
 +expat/​2.6.2 ​                               netcdf/​c-4.7.3-fortran-4.5.2 ​              ​R/​3.6.1
 +fftw/​3.3.10 ​                               openmpi/​1.10.7 ​                            ​roary/​3.12
 +gromacs/​2019.4 ​                            ​openmpi/​1.6.5 ​                             samtools/​1.9
 +hdf5/​1.10.5 ​                               openmpi/​2.1.6 ​                             tabix/0.2.5
 +
 +[ETC...]
 +
 +</​code>​
 +
 +Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''​ml -d av''​ para listar solamente los módulos por defecto.
 +
 +----
 +
 +
 +==== Cargar software ====
 +
 +Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''​module load [software]/​[version] ''​
 +
 +**Ejemplo:​**
 +
 +Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.
 +
 +<​code>​
 +$ module load gromacs/​2019.4
 +
 +Loading gromacs/​2019.4
 +  Loading requirement:​ gcc/8.3.0 openmpi/​2.1.6
 +
 +$ ml
 +
 +Currently Loaded Modulefiles:​
 + 1) gcc/8.3.0 <​aL> ​  2) wrf/​4.0 ​  3) R/​3.6.1 ​  4) openmpi/​2.1.6 <​aL> ​  5) gromacs/​2019.4
 +
 +</​code>​
 +
 +Revisando versión actual de Gromacs
 +
 +<​code>​
 +$ gmx_mpi --version
 +                         :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:
 +
 +                            GROMACS is written by:
 +     Emile Apol      Rossen Apostolov ​     Paul Bauer     ​Herman J.C. Berendsen
 +    Par Bjelkmar ​     Christian Blau   ​Viacheslav Bolnykh ​    Kevin Boyd
 + ​Aldert van Buuren ​  Rudi van Drunen ​    Anton Feenstra ​      Alan Gray
 +
 +...
 +
 +GROMACS version: ​   2019.4
 +Precision: ​         single
 +Memory model: ​      64 bit
 +MPI library: ​       thread_mpi
 +
 +...
 +
 +</​code>​
 +
 +
 +==== Descargar software ====
 +
 +Cuando no necesitas más un software o librería específico,​ debes descargarlo con el comando ''​module unload [software]/​[version] ''​
 +
 +**Ejemplo:​**
 +
 +Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo
 +
 +<​code>​
 +$ ml
 +
 +Currently Loaded Modulefiles:​
 + 1) gcc/8.3.0 <​aL> ​  2) wrf/​4.0 ​  3) R/​3.6.1 ​  4) openmpi/​2.1.6 <​aL> ​  5) gromacs/​2019.4
 +
 +$ module unload gromacs/​2019.4
 +
 +Unloading gromacs/​2019.4
 +  Unloading useless requirement:​ openmpi/​2.1.6 gcc/8.3.0
 +
 +$ ml
 +
 +Currently Loaded Modulefiles:​
 + 1) gcc/8.3.0 <​aL> ​  2) wrf/​4.0 ​  3) R/3.6.1
 +
 +</​code>​
 +
 +
 +==== Limpiar software ====
 +
 +Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente,​ con el comando ''​module purge''​
 +
 +**Ejemplo:​**
 +<​code>​
 +$ ml
 +
 +Currently Loaded Modulefiles:​
 + 1) gcc/8.3.0 <​aL> ​  2) wrf/​4.0 ​  3) R/​3.6.1 ​  4) openmpi/​2.1.6 <​aL> ​  5) gromacs/​2019.4
 +
 +$ module purge
 +
 +$ ml
 +
 +No Modulefiles Currently Loaded.
 +
 +</​code>​
 +
  
  • cargar_un_software.1709273800.txt.bz2
  • Last modified: 2024/09/16 17:58
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