https://cemcc.ufro.cl/wiki/ 2026-04-21T17:41:03-0300 https://cemcc.ufro.cl/wiki/ https://cemcc.ufro.cl/wiki/lib/tpl/boostrap3-2021/images/favicon.ico text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=acceso_a_soroban&rev=1726520281&do=diff Acceder a servidor Soroban Contacto Para acceder el servidor Soroban debes solicitar una cuenta a text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=cargar_un_software&rev=1726520281&do=diff Cargando software y librerías Existen dos métodos para utilizar un software: * Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se ejecuta directamente para trabajar, puedes ir directo a esta sección para text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=informacion&rev=1726520281&do=diff Proyecto MACH Proyecto NOMBREDesarrollo de métodos de monitoreo y sistema de predicción de floraciones algales nocivas para una acuicultura y pesca costera sustentable en Chile” (SATREPS MACH)FONDOAgencia de Ciencia y Tecnología (JST) y Agencia de Cooperación Internacional del Japón (JICA) text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=iniciar_simulacion_con_slurm&rev=1726520281&do=diff Utilización de SLURM SLURM Workload Manager o formalmente (Simple Linux Utility for Resource Management) es un sistema de manejo de cluster y calendarización de tareas para grandes y pequeños cluster Linux, el cual es open source, tolerante a fallas y altamente escalable. text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=iniciar_simulacion_sin_slurm&rev=1726520281&do=diff Ejecutar trabajos con Tmux Tmux es un gestor de ventanas, cuyo objetivo es permitir al usuario realizar múltiples tareas en un Shell o durante una sesión SSH al mismo tiempo y de forma más organizada. Esto es comparable a varias pestañas en un navegador. text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=login_en_soroban&rev=1726520281&do=diff Iniciar sesión en Soroban Los pasos básicos mínimos y herramientas necesarias para iniciar sesión en el servidor Soroban se encuentran disponibles a continuación. Herramientas necesarias * Cliente secure shell (SSH) instalado en tu computador personal : text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=mfa&rev=1726520281&do=diff Activación de MFA (opcional) Multi Factor Authenticator (MFA) . Este método agrega un capa de seguridad extra a las cuentas de los investigadores, y es obligatorio para todos los usuarios. Para activar y usar MFA es necesario seguir tres simples pasos descritos a continuación: text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=monitoreo_y_carga_de_trabajo&rev=1726520281&do=diff Monitoreo La recolección de métricas de la carga de trabajo, consumo de CPU, memoria y networking para el servidor Soroban se realiza a través de Ganglia Monitor, y puede ser consultada aquí text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=s.l.u.r.m&rev=1726520281&do=diff Utilización de SLURM SLURM Workload Manager o formalmente (Simple Linux Utility for Resource Management) es un sistema de gestión de trabajos en clústeres de código abierto, el cual es tolerante a fallas y altamente escalable para clústeres Linux grandes y pequeños. text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=servidor_soroban&rev=1726520281&do=diff Soroban El servidor recibe el nombre de Soroban, palabra japonesa para abaco. Esta máquina es la responsable de realizar todos los cálculos y analísis del proyecto MACH. La capacidad de cómputo disponible es la siguiente: CORES : 192 MEMORY : 1,5TB STORAGE : 200TB OPERATION SYSTEM : Linux CentOS 7.6 text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=slurm&rev=1726520281&do=diff SLURM 19.04 Conceptos básicos Jobs Particiones Task Comandos básicos Consultar cola Enviar un programa Cancelar un trabajo Trabajando con SLURM Simple usage for soroban 0. Note. '-p intel' (equivalent long option: '–partition=intel') is required for soroban. text/html 2024-10-09T21:22:48-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=software_bioinformatics&rev=1728519768&do=diff Software y librerías disponibles Bioinformatics, Chemistry, Physics, etc índice : A|B|C|D|E|F|G|H|I|J|K|L|M|N|O|P|Q|R|S|T|U|V|W|X|Y|Z ---------- # Aplicación Versión Descripción A aragorn1.2.36A software tool for predicting tRNA genes in DNA sequences, used for annotating genomes and identifying transfer RNA genes with high accuracy. text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=software_disponible&rev=1726520281&do=diff Aplicaciones disponibles en Soroban (system) ---------- índice : A|B|C|D|E|F|G|H|I|J|K|L|M|N|O|P|Q|R|S|T|U|V|W|X|Y|Z ---------- A Anaconda python3.7.8Interprete python optimizadoB Ccmake3.15.4Utilidad para compilar en LinuxD E F G text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=solicitar_acceso_a_soroban&rev=1726520281&do=diff Solicitar Acceso El servidor Soroban es parte del Proyecto MACH/SATREPS y para obtener una cuenta de usuario debe contactar a admin-cemcc@ufrontera.cl text/html 2025-05-05T18:38:47-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=start&rev=1746481127&do=diff HPC (High Performance Computing) Centro de Excelencia de Modelación y Computación Científica | Universidad de La Frontera, Temuco, Chile https://www.cemcc.ufro.cl F.A.Q Q: ¿Cómo puedo acceder a los recursos de cómputo del Centro de Excelencia de Modelación y Computación Científica? text/html 2024-09-16T17:58:01-0300 Anonymous (anonymous@undisclosed.example.com) https://cemcc.ufro.cl/wiki/doku.php?id=upgrade&rev=1726520281&do=diff Proyecto MACH * Información * Servidor Soroban * instalación/inauguración Servidor Soroban * Solicitar Acceso * Software Disponible (system) * Software Científico ---------- Primeros pasos en Soroban (for no-mach/mach users) Pasos ordenados para trabajar en el servidor Soroban * Login en Soroban * Cargar un software * Iniciar simulación sin SLURM * Iniciar simulación con SLURM (for mach users only) ---------- Summer Course Summer course of Genome Informatics 2020 …