Show pageOld revisionsBacklinksBack to top This page is read only. You can view the source, but not change it. Ask your administrator if you think this is wrong. CKG Edit ====== Cargando software y librerías ====== Existen **dos métodos** para utilizar un software: - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Screen]]** - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module'' ====== Software disponible con Module ====== Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple. Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual. ---- ==== Buscar software disponible ==== El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''module avail'' lista todo el software disponible. <code> $ module avail ------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------------------- dot module-git module-info modules null use.own -------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles --------------------------------------------------------------------------- cmake/3.15.4 namd/Git-2019-11-27_Linux-x86_64-multicore python/3.7.4 gcc/5.5.0 netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2 quantum-espresso/schrodinger-6.4.1-2019-4 gcc/8.3.0 openmpi/1.10.7 R/3.6.1 gromacs/2019.4 openmpi/1.6.5 wrf/3.9.1 hdf5/1.10.5 openmpi/2.1.6 wrf/4.0 mpi openmpi/3.1.5 [ETC...] </code> ---- ==== Cargar software ==== Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''module load [software]/[version] '' **Ejemplo:** Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida. <code> $ module load gromacs/2019.4 Loading gromacs/2019.4 Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6 $ ml Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 </code> Revisando versión actual de Gromacs <code> $ gmx_mpi --version :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-: GROMACS is written by: Emile Apol Rossen Apostolov Paul Bauer Herman J.C. Berendsen Par Bjelkmar Christian Blau Viacheslav Bolnykh Kevin Boyd Aldert van Buuren Rudi van Drunen Anton Feenstra Alan Gray ... GROMACS version: 2019.4 Precision: single Memory model: 64 bit MPI library: thread_mpi ... </code> ==== Descargar software ==== Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando ''module unload [software]/[version] '' **Ejemplo:** Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo <code> $ ml Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 $ module unload gromacs/2019.4 Unloading gromacs/2019.4 Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0 $ ml Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 </code> ==== Limpiar software ==== Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando ''module purge'' **Ejemplo:** <code> $ ml Currently Loaded Modulefiles: 1) gcc/8.3.0 <aL> 2) wrf/4.0 3) R/3.6.1 4) openmpi/2.1.6 <aL> 5) gromacs/2019.4 $ module purge $ ml No Modulefiles Currently Loaded. </code> Toggle WYSIWYG editor cargar_un_software.txt Last modified: 2024/04/22 03:56by admin