====== Cargando software y librerías ======

Existen **dos métodos** para utilizar un software:

   - Ingresado el nombre del software directamente en un terminal, si la utilidad o software está disponible se **ejecuta directamente para trabajar, **puedes ir directo a esta sección para **[[:iniciar_simulacion_sin_slurm|ejecutar un trabajo con Tmux]]**
  - Si el método 1 falla, se deber verificar la disponibilidad del software y su versión exacta a través de la utilidad ''module''


====== Software disponible con Module ======

Module es una utilidad provista por el paquete [[https://modules.readthedocs.io/en/latest/|Environment Modules]], disponible en sistemas GNU/Linux, el cual carga todos los elementos necesarios para utilizar una librería o software, eliminando complejas configuraciones en las variables de entorno, y de esta forma permitiendo seleccionar versiones distintas de una aplicación o librería de forma simple.

Para utilizar un [[:software_bioinformatics|software específico instalado en el clúster]] se debe ejecutar la utilidad ''module''. A continuación se presenta una guía básica para su uso habitual.

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==== Buscar software disponible ====

El comando ''ml'' (o bien ''module list'') lista todos los módulos que estén cargados. El comando ''ml av'' (o ''module avail'') lista todo el software disponible.
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$ module avail

------------------------------------------------------------------- /usr/share/Modules/modulefiles --------------------------------------------------------------------
dot         module-git  module-info modules     null        use.own

-------------------------------------------------------------------------- /opt/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------
cmake/3.15.4                               ncbi-blast/2.13.0                          python/3.7.4
expat/2.6.2                                netcdf/c-4.7.3-fortran-4.5.2               R/3.6.1
fftw/3.3.10                                openmpi/1.10.7                             roary/3.12
gromacs/2019.4                             openmpi/1.6.5                              samtools/1.9
hdf5/1.10.5                                openmpi/2.1.6                              tabix/0.2.5

[ETC...]

</code>

Si la lista de módulos disponibles es muy larga, considere ejecutar el comando ''ml -d av'' para listar solamente los módulos por defecto.

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==== Cargar software ====

Seleccionar y cargar un módulo disponible con el comando ''module load [software]/[version] ''

**Ejemplo:**

Cargando el software Gromacs 2019.4, el cual a su vez carga el compilador gcc y openmpi de forma predefinida.

<code>
$ module load gromacs/2019.4

Loading gromacs/2019.4
  Loading requirement: gcc/8.3.0 openmpi/2.1.6

$ ml

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4

</code>

Revisando versión actual de Gromacs

<code>
$ gmx_mpi --version
                         :-) GROMACS - gmx, 2019.4 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd
 Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray

...

GROMACS version:    2019.4
Precision:          single
Memory model:       64 bit
MPI library:        thread_mpi

...

</code>


==== Descargar software ====

Cuando no necesitas más un software o librería específico, debes descargarlo con el comando ''module unload [software]/[version] ''

**Ejemplo:**

Descargando el software Gromacs 2019.4 que fue cargado en el ejemplo previo

<code>
$ ml

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4

$ module unload gromacs/2019.4

Unloading gromacs/2019.4
  Unloading useless requirement: openmpi/2.1.6 gcc/8.3.0

$ ml

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1

</code>


==== Limpiar software ====

Eliminar todos los módulos que se tienen cargados previamente, con el comando ''module purge''

**Ejemplo:**
<code>
$ ml

Currently Loaded Modulefiles:
 1) gcc/8.3.0 <aL>   2) wrf/4.0   3) R/3.6.1   4) openmpi/2.1.6 <aL>   5) gromacs/2019.4

$ module purge

$ ml

No Modulefiles Currently Loaded.

</code>