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slurm [2020/05/19 03:08] mickey |
slurm [2020/09/17 13:18] admin |
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| Line 1: | Line 1: | ||
| - | ====== SLURM ====== | + | ====== SLURM 19.04 ====== |
| Conceptos básicos | Conceptos básicos | ||
| Line 21: | Line 21: | ||
| **Simple usage for soroban** | **Simple usage for soroban** | ||
| - | 0. Note. | + | 0. Note. |
| - | '-p intel' (equivalent long option: '--partition=intel') is required for soroban. | + | '-p intel' (equivalent long option: '–partition=intel') is required for soroban. |
| + | |||
| + | 1. Save below as text file (e.g. my_first_slurm.sh). | ||
| - | 1. Save below as text file (e.g. my_first_slurm.sh). | ||
| <code> | <code> | ||
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| - | #SBATCH --job-name=example # Nombre para el trabajo a ejecutar en el cluster | + | #SBATCH --job-name=example # Nombre para el trabajo a ejecutar en el cluster |
| - | #SBATCH --partition=intel | + | #SBATCH --partition=intel # Nombre de la cola |
| - | #SBATCH --output=example_%j.out | + | #SBATCH --output=example_%j.out # Salida de la simulacion |
| - | #SBATCH --error=example_%j.err | + | #SBATCH --error=example_%j.err # Registro de errores durante la simulacion |
| ls -lh | ls -lh | ||
| Line 37: | Line 38: | ||
| </code> | </code> | ||
| - | 2. Submit it as SLURM job. | + | 2. Submit it as SLURM job. |
| - | sbatch <filename> (e.g. sbatch my_first_slurm.sh) | + | sbatch (e.g. sbatch my_first_slurm.sh) |
| - | 3. Check progress. | + | 3. Check progress. |
| squeue | squeue | ||
| Line 48: | Line 49: | ||
| <code> | <code> | ||
| #!/bin/bash | #!/bin/bash | ||
| - | #SBATCH --job-name=example # Nombre para el trabajo a ejecutar en el cluster | + | #SBATCH --job-name=example # Nombre para el trabajo a ejecutar en el cluster |
| - | #SBATCH --partition=troquil | + | #SBATCH --partition=intel # Nombre la COLA/PARTICION donde enviaras las simulaciones |
| - | #SBATCH -n 32 # Debe de ser un número múltiplo de 16 | + | #SBATCH -n 48 # Debe de ser un número múltiplo de 24, idealmente para usar todos los cores de una CPU. |
| - | #SBATCH --ntasks-per-node=16 # máximo por blade | + | #SBATCH --ntasks-per-node=24 # Numero de tareas por nodo |
| - | #SBATCH --output=example_%j.out | + | #SBATCH --output=example_%j.out # Salidas de la simulación |
| - | #SBATCH --error=example_%j.err | + | #SBATCH --error=example_%j.err # Errores durante la simulacion |
| - | #SBATCH --mail-user=username@ufrontera.cl | + | #SBATCH --mail-user=username@ufrontera.cl # correo para notificar de inicio/termino o problemas de la simulacion |
| - | #SBATCH --mail-type=ALL | + | #SBATCH --mail-type=ALL # |
| - | srun ./mpi_programa | + | srun ./mpi_programa #comando y programa mpi a ejecuta, reemplazar por el programa correspondiente |
| </code> | </code> | ||
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| ===== 4. Ejemplo básico 3 ===== | ===== 4. Ejemplo básico 3 ===== | ||
| Line 90: | Line 90: | ||
| <code> | <code> | ||
| - | chmod +x ejemplo2.sh | + | chmod +x ejemplo3.sh |
| </code> | </code> | ||
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| - | sbatch ejemplo2.sh | + | sbatch ejemplo3.sh |
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